W momencie napaści Niemiec na Związek Radziecki (22. VI. 1941 r.) nauka w szkole została  przerwana. Wiele dokumentów, księgozbiór, meble szkolne zostały zniszczone. Szkoła została zamieniona w magazyn żywnościowy i służyła jako miejsce rekrutacji ludności do wywózki na roboty do Niemiec.Nauka była surowo zabroniona. Nauczyciele szukali pracy i podejmowali się różnych zawodów (mleczarnie, urzędy, handel). Każdy zobowiązany był wykazać się jakąś pracą. Niektórzy nauczyciele zostali wprowadzeni do konspiracji i działali w Związku Walki Zbrojnej (ZWZ), a później Armii Krajowej (AK). Dowódcą 1 plutonu AK w Zalesiu był Józef Huterski ps. ,,Wilk”, który był kierownikiem szkoły w Sidrze. Łączniczka Janina Zięba ,,Aster” była nauczycielką szkoły w Śniczanach gm. Sidra i jednocześnie prowadziła tajne nauczanie. Z terenu gminy przez Niemców zostali wywiezieni następujący nauczyciele: Anikol Chaim, Bratowa Maria, Hankus Józef, Ignatowa Maria, Koziarska Irena i Konstanty oraz Irena i Władysław Pawłowscy. Co się z nimi dalej działo nie wiadomo. Do Sidry nie wrócili.Tragiczny był los męża Mari Gutowskiej Józefa Gutowskiego- nauczyciela, który w marcu 1943 roku został aresztowany jako zakładnik i najprawdopodobniej w maju 1943 roku na placu więziennym w Białymstoku został rozstrzelany. W wykazie nauczycieli zaginionych bez wieści są nazwiska Mieczysława Mączyńskiego i Wincentego Lewkowicza. M. Mączyński- nauczyciel matematyki z Sidry, jako żołnierz kampanii wrześniowej zginął 18 września 1939 roku w obronie Kępy Oksywskiej, jako dowódca 2 kampanii. Jeśli chodzi o Wincentego Lewkowicza- kierownika w szkole, to został on aresztowany przez NKWD i wywieziony w głąb Rosji.Pomimo zmian programowych w nauczaniu i możliwości zwolnienia uczniów z nauki religii, szkoła nadal podtrzymywała tradycje przedwojenne. Zajęcia lekcyjne rozpoczynały i kończyły się modlitwą. Uroczyste zakończenie roku odbywało się po specjalnym nabożeństwie w kościele. W późniejszym okresie jednak religia stała się przedmiotem nadobowiązkowym, a księża katoliccy zobowiązani byli do składania przyrzeczeń służbowych.Aby dokonać wielkiego dzieła przebudowy oświaty, władze musiały pozyskać dużą część inteligencji, tych którzy się wahali jaki tych nie przekonanych do nowej władzy. Kolejnym posunięciem, które miało zjednać nauczycieli dla tworzącej się władzy było oficjalne uznanie tajnego nauczania.Naukę w sidrzańskiej szkole rozpoczęto zaraz po wyzwoleniu. W sierpniu 1944 roku do pracy w Szkole Podstawowej zgłosili się: Huterski Józef, który został kierownikiem, jego żona Bronisława i pani Szydłowska.
                              Rada Pedagogiczna i oddział piąty w Sidrze w dn.28 VI 1945 r.

W roku szkolnym 1946/47 przeprowadzono w szkole w Sidrze duże prace remontowe, bowiem otynkowano 126 m2 ścian, naprawiono 7 pieców, oszklono kompletnie 4 sale oraz naprawiono dach. Jeśli chodzi o pomoce szkolne, to było ich niewiele: mapa fizyczna Polski, 10obrazów ściennych, warsztat stolarski i prasa introligatorska. Inspektor szkolny w Sokółce wspomagał szkolną bibliotekę książkami (393 egzemplarzy w połowie 1947 r.) W szkole pracował także ksiądz, który uczył religii. W 7 klasach uczyło się 216 uczniów. W szkole działało koło PCK i Spółdzielnia Uczniowska.W myśl założeń reformy oświaty, kierownik szkoły w Sidrze pełnił funkcję zastępcy przewodniczącego Gminy Rady Narodowej i przewodniczącego Gminnej Komisji Kontroli Społecznej. W końcu 1948 roku w szkole zorganizowano bibliotekę gminną, w której funkcję kierownika pełnił nauczyciel tutejszej szkoły Leonard Sosnowski.Po odejściu ze szkoły państwa Huterskich, funkcję kierownika tymczasowego pełniła Maria Gutowska, do przybycia w 1948 roku Stanisława Kościuka, który został kierownikiem szkoły. Pracę w szkole podjęła także jego żona. Po odejściu z pracy w szkole Leonarda Sosnowskiego oraz Bronisławy Sosnowskiej w roku szkolnym 1949/50 grono nauczycielskie zostało wzmocnione przez Felicję Wojtulewicz oraz Alicję Kuźmicką.Szkoła Podstawowa w Sidrze była jedną z 125 szkół, które podlegały Inspektoratowi Szkolnemu w Sokółce. Istniejący od grudnia 1944 roku inspektorat miał za zadanie dopilnowanie realizacji powszechnego nauczania, wychowania szkolnego i przedszkolnego. Zajmował się także oświatą i kulturą dorosłych jak i kształceniem i wychowaniem pozaszkolnym.